E-Rechnung, GoBD und IKS: Anforderungen an Prozesse und Verfahrensdokumentation

Mit der Einführung der obligatorischen E-Rechnung für inländische B2B‑Umsätze seit dem 1. Januar 2025 verfolgt der Gesetzgeber das Ziel, die Rechnungsstellung und ‑verarbeitung vollständig zu digitalisieren. Die Klarstellungen der Finanzverwaltung, insbesondere im BMF-Schreiben vom 15.10.2024 zur E-Rechnungspflicht ab 2025 sowie in der ergänzenden Verwaltungsauffassung vom 15. Oktober 2025, zeigen jedoch deutlich: Die E‑Rechnung ist kein isoliertes IT‑ oder Formatprojekt, sondern greift tief in die kaufmännischen und steuerlichen Prozesse ein.

Durch strukturierte, maschinenlesbare Rechnungen verlagern sich Prüfungen vom Menschen in Systeme und damit erweitert bzw. verändert sich das interne Kontrollsystem (IKS).

Die Finanzverwaltung macht in ihren Verlautbarungen deutlich, dass elektronische Rechnungen nur dann ordnungsgemäß verarbeitet werden, wenn die zugrunde liegenden Prozesse und Kontrollen nachvollziehbar ausgestaltet sind. Prüfungen zur formalen, technischen und teilweise auch inhaltlichen Richtigkeit erfolgen zunehmend systemgestützt, etwa durch Validierungen gegen EN‑16931‑Regeln oder Geschäftslogiken. Diese systemseitigen Kontrollen sind Bestandteil des IKS und müssen als solche beschrieben, begründet und dokumentiert werden.

In der Praxis bedeutet dies: Der Rechnungseingang sowie die Rechnungstellung, die Validierung, Fehlerbehandlung, Weiterverarbeitung und Archivierung von E‑Rechnungen stellen neue oder veränderte Kontrollpunkte dar. Damit greifen die GoBD unmittelbar, denn sie verlangen nicht nur die Ordnungsmäßigkeit der Daten selbst, sondern eine dokumentierte Darstellung der Prozesse und Kontrollen, mit denen diese Ordnungsmäßigkeit sichergestellt wird. Ohne eine entsprechend angepasste Verfahrensdokumentation bleibt das erweiterte IKS rund um die E‑Rechnung für Dritte – insbesondere für Betriebsprüfende – nicht nachvollziehbar.

Unternehmen, die zwar technisch korrekte E‑Rechnungen empfangen oder versenden, ihre Prozesse und internen Kontrollen jedoch nicht dokumentiert haben, gehen damit das Risiko ein, im Prüfungsfall die Ordnungsmäßigkeit ihrer Buchführung nicht nachweisen zu können.

Verfahrensdokumentation effizient und praxisnah umsetzen

Eine GoBD‑konforme Verfahrensdokumentation muss kein monatelanges Mammutprojekt sein. Entscheidend ist nicht die Länge des Dokuments, sondern die klare, strukturierte Beschreibung der tatsächlichen Prozesse und genutzten Systeme sowie des implementierten IKS rund um die E‑Rechnung.

Eine GoBD-konforme Verfahrensdokumentation sollte in diesem Sinne folgende Inhalte beschreiben:

1. Rechnungseingang und Verarbeitung von E-Rechnungen

Beschreibung der Eingangskanäle, über die E-Rechnungen im Unternehmen eingehen und wie diese in die internen Systeme übernommen werden (z. B. E-Mail, Peppol, EDI, Portal).
Dabei ist darzustellen, welche strukturierten Formate akzeptiert werden und wie der Übergang von der Annahme zur Weiterverarbeitung erfolgt.
Ebenso ist festzuhalten, an welcher Stelle im Prozess automatisierte oder manuelle Prüfhandlungen vorgesehen und wie diese in den Gesamtprozess eingebettet sind.

2. Erstellung und Übermittlung von E-Rechnungen

Beschreibung der eingesetzten Systeme/Programme zur Erstellung von E‑Rechnungen.
Dokumentation der verwendeten E-Rechnungsformate sowie die Übermittlungswege an den Leistungsempfänger.
Entscheidend ist dabei nicht die technische Detailtiefe, sondern die Transparenz darüber, wie ordnungsgemäße und unveränderbare E-Rechnungen erzeugt und in den Versand gegeben werden.

3. Validierung der E-Rechnungen

Ein zentrales Element des erweiterten IKS ist die Validierung von E-Rechnungen. Die Verfahrensdokumentation hat daher darzustellen, auf welche Weise die Validierung von E-Rechnungen durchgeführt wird, welche Fehlerarten erkannt werden sollen und wie mit abweichenden oder fehlerhaften Rechnungsdaten umgegangen wird.
Es sollte erläutert werden, welche Software für die Validierung genutzt wird und wie die Validierungsergebnisse dokumentiert sowie verfügbar gemacht werden.

4. Ordnungsgemäße Archivierung und langfristige Verfügbarkeit

Darzustellen ist zudem, wie und wo E-Rechnungen sowie die Validierungsergebnisse archiviert werden. Dabei ist zu erläutern, in welcher Form die Daten abgelegt werden und die gesetzliche Aufbewahrungsfrist von zehn Jahren eingehalten wird.
Ein besonderes Augenmerk liegt auf der Fähigkeit, strukturierte Rechnungsdaten bei Bedarf wieder lesbar und auswertbar darzustellen.

5. Absicherung von Echtheit und Unveränderbarkeit

Abschließend sind die Maßnahmen zu beschreiben, mit denen das Unternehmen die Echtheit der Herkunft und die Unversehrtheit der Rechnungsinhalte sicherstellt. Dies betrifft sowohl organisatorische Kontrollen als auch technische Sicherungen, etwa durch definierte Übertragungswege oder ergänzende Sicherheitsmechanismen.
Entscheidend ist, dass diese Maßnahmen als Bestandteil des IKS erkennbar und verständlich dokumentiert sind.

Warum sich die Dokumentation der E-Rechnungsprozesse auszahlt

Eine sauber umgesetzte Verfahrensdokumentation zur E‑Rechnung bietet Unternehmen deutlich mehr als die bloße Erfüllung formeller Anforderungen. Sie schafft Transparenz, reduziert Risiken und bildet eine belastbare Grundlage für den weiteren Digitalisierungsgrad im Rechnungswesen.

1. Prüfungssicherheit und GoBD‑Konformität

Durch die nachvollziehbare Beschreibung der E‑Rechnungsprozesse und der zugehörigen Kontrollen wird die Ordnungsmäßigkeit der Buchführung belegbar. Im Prüfungsfall kann das Unternehmen darlegen, wie E-Rechnungen empfangen, geprüft, verarbeitet, erstellt und archiviert werden. Dies ist ein zentraler Aspekt zur Vermeidung formaler Beanstandungen.

2. Angemessenes IKS

Die Dokumentation macht deutlich, an welchen Stellen automatisierte und manuelle Kontrollen greifen. Dadurch wird das interne Kontrollsystem nicht nur nachvollziehbar, sondern auch gezielt gestärkt. Risiken aus fehlerhaften E-Rechnungen werden frühzeitig erkannt und systematisch adressiert.

3. Reduzierung von Haftungs- und Vorsteuerrisiken

Klare Prozesse und dokumentierte Prüfmechanismen erhöhen die Rechtssicherheit insbesondere im Hinblick auf den Vorsteuerabzug. Unternehmen können belegen, dass sie ihrer Prüfpflicht im Rahmen der E‑Rechnungsverarbeitung ordnungsgemäß nachkommen.

4. Transparenz über digitale Abläufe

Die Verfahrensdokumentation zwingt zur strukturierten Auseinandersetzung mit bestehenden Abläufen und eingesetzten IT-Anwendungen. Dadurch werden z. B. Medienbrüche, manuelle Umgehungslösungen, unzureichende Validierungslösungen und ineffiziente Prozessschritte sichtbar.

5. Zukunftssichere Basis für weitere Melde‑ und Kontrollsysteme

Die E‑Rechnung ist absehbar nicht der letzte Digitalisierungsschritt im steuerlichen Umfeld. Eine sauber dokumentierte Prozess- und Kontrolllandschaft bildet die notwendige Grundlage für kommende transaktionsbezogene Meldesysteme und weitergehende Automatisierung.

Fazit

Die E-Rechnung verändert nicht nur den Rechnungsdatenaustausch, sondern auch die Anforderungen an Prozesse, Kontrollen und deren Dokumentation. Unternehmen müssen deshalb ihre Verfahrensdokumentation an die digitalisierten Abläufe anpassen und das erweiterte interne Kontrollsystem rund um Erstellung, Prüfung, Verarbeitung und Archivierung von E-Rechnungen nachvollziehbar beschreiben. Wer dies frühzeitig und strukturiert umsetzt, verbessert nicht nur seine GoBD-Compliance, sondern schafft zugleich eine belastbare Grundlage für weitere Digitalisierungsschritte im Rechnungswesen.

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